Bộ Chứng Từ Nhập Khẩu Cần Lưu Trữ Những Gì Sau Khi Thông Quan?

Sau khi thông quan, doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ bộ chứng từ nhập khẩu để phục vụ công tác kế toán, quyết toán thuế và kiểm tra sau thông quan. Vậy hồ sơ gồm những gì, thời hạn lưu trữ bao lâu và làm thế nào để quản lý chứng từ hiệu quả? Cùng MDCT Logistics tìm hiểu chi tiết trong bài viết dưới đây.

1. Vì sao doanh nghiệp cần lưu trữ bộ chứng từ nhập khẩu sau thông quan?

Nhiều doanh nghiệp cho rằng khi hàng hóa đã được thông quan, hoàn tất nghĩa vụ thuế và đưa về kho thì bộ hồ sơ nhập khẩu đã hoàn thành nhiệm vụ. Tuy nhiên, trên thực tế, thông quan chỉ là một giai đoạn trong toàn bộ quy trình nhập khẩu. Các chứng từ liên quan vẫn cần được bảo quản để phục vụ công tác kế toán, kê khai thuế, đối chiếu giao dịch và giải trình khi cơ quan chức năng yêu cầu.

Theo quy định tại Điều 18 Luật Hải quan, người khai hải quan có trách nhiệm lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Bên cạnh đó, tài liệu thuộc hồ sơ kế toán còn phải tuân thủ thời hạn lưu trữ theo pháp luật về kế toán. 

Việc lưu trữ đầy đủ giúp doanh nghiệp chứng minh tính hợp pháp của lô hàng, đối chiếu số liệu giữa chứng từ thương mại và tờ khai hải quan, đồng thời hạn chế rủi ro khi phát sinh kiểm tra sau thông quan hoặc thanh tra, kiểm tra thuế.

Có thể tham khảo: Quy Trình Chuẩn Bị Chứng Từ Giúp Rút Ngắn Thời Gian Thông Quan

2. Bộ chứng từ nhập khẩu cần lưu trữ những gì sau khi thông quan?

Tùy theo mặt hàng, phương thức vận chuyển, loại hình nhập khẩu và chính sách quản lý chuyên ngành, thành phần hồ sơ của từng lô hàng có thể khác nhau. Tuy nhiên, doanh nghiệp nên tổ chức lưu trữ theo các nhóm chứng từ dưới đây.

2.1. Hồ sơ hải quan và chứng từ thông quan

Đây là nhóm hồ sơ cốt lõi để chứng minh lô hàng đã được khai báo với cơ quan hải quan và hoàn thành thủ tục theo quy định. Các chứng từ cần lưu gồm:

• Tờ khai hải quan nhập khẩu và thông tin phản hồi, kết quả xử lý trên hệ thống.
• Chứng từ khai bổ sung, sửa đổi tờ khai và văn bản giải trình phát sinh trong quá trình làm thủ tục, nếu có.
• Chứng từ nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu và các khoản thuế, phí liên quan theo quy định.
• Quyết định miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế hoặc các văn bản liên quan đến nghĩa vụ thuế, nếu có.
• Biên bản kiểm tra thực tế hàng hóa, kết quả phân tích, phân loại hoặc văn bản xử lý của cơ quan hải quan, nếu phát sinh.

Đối với tờ khai điện tử, doanh nghiệp cần bảo đảm có thể truy xuất dữ liệu và chứng từ liên quan khi cần đối chiếu. Không nên chỉ lưu một ảnh chụp trạng thái thông quan mà bỏ qua các hồ sơ bổ sung hoặc kết quả xử lý trong quá trình khai báo.

2.2. Chứng từ thương mại giữa người mua và nhà cung cấp

Nhóm chứng từ thương mại thể hiện giao dịch mua bán thực tế, là cơ sở để đối chiếu thông tin hàng hóa, số lượng, đơn giá, tổng trị giá và điều kiện giao dịch đã khai báo. Doanh nghiệp nên lưu:

• Hợp đồng mua bán ngoại thương (Sales Contract): thể hiện thỏa thuận giữa bên mua và bên bán về hàng hóa, giá cả, điều kiện giao hàng và thanh toán.
• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): thể hiện thông tin người bán, người mua, mô tả hàng hóa, số lượng, đơn giá và trị giá giao dịch.
• Phiếu đóng gói (Packing List): thể hiện quy cách đóng gói, số kiện, trọng lượng và các thông tin cần thiết để kiểm tra hàng hóa.
• Đơn đặt hàng, xác nhận đơn hàng, phụ lục hợp đồng, hóa đơn điều chỉnh hoặc thỏa thuận bổ sung, nếu có.

Khi lưu trữ, doanh nghiệp cần kiểm tra tính thống nhất giữa các chứng từ về tên hàng, mã hàng, số lượng, đơn giá, điều kiện giao hàng và thông tin các bên. Nếu có sự khác biệt, cần lưu cả tài liệu giải trình hoặc chứng từ điều chỉnh hợp lệ thay vì tự ý sửa nội dung của hồ sơ gốc.

Có thể tham khảo: Packing List Là Gì? Hướng Dẫn Chi Tiết Từ A-Z Cho Doanh Nghiệp

2.3. Chứng từ vận tải và giao nhận hàng hóa

Chứng từ vận tải giúp doanh nghiệp theo dõi hành trình lô hàng, xác định các thông tin giao nhận và đối chiếu chi phí vận chuyển liên quan đến hoạt động nhập khẩu.

Tùy phương thức vận chuyển, hồ sơ có thể bao gồm:

• Vận đơn đường biển (Bill of Lading – B/L), vận đơn hàng không (Air Waybill – AWB) hoặc chứng từ vận tải đường bộ tương ứng.
• Thông báo hàng đến (Arrival Notice), lệnh giao hàng (Delivery Order – D/O) và chứng từ giao nhận tại cảng, kho hoặc địa điểm nhận hàng.
• Chứng từ phí vận tải quốc tế, phí xử lý tại cảng, phí lưu container, lưu bãi và các khoản phụ phí thực tế phát sinh.
• Biên bản giao nhận, biên bản xác nhận thiếu hụt, hư hỏng hàng hóa hoặc hồ sơ khiếu nại đơn vị vận chuyển, nếu có.

Nhóm chứng từ này đặc biệt quan trọng khi doanh nghiệp cần đối chiếu chi phí logistics thực tế, xác định trị giá tính thuế theo quy định hoặc xử lý tranh chấp liên quan đến hàng hóa trong quá trình vận chuyển.

2.4. Chứng từ thanh toán và hồ sơ kế toán

Doanh nghiệp cần lưu tài liệu chứng minh việc thanh toán cho nhà cung cấp và các bên cung cấp dịch vụ liên quan đến lô hàng. Đây là cơ sở để đối chiếu công nợ, ghi nhận chi phí và giải trình giao dịch khi cần thiết.

Các chứng từ thường gặp gồm:

• Ủy nhiệm chi, giấy báo nợ, sao kê ngân hàng và chứng từ chuyển tiền quốc tế.
• Chứng từ thanh toán tiền hàng, phí vận chuyển, phí dịch vụ và các khoản chi phí khác.
• Hóa đơn hợp pháp do đơn vị cung cấp dịch vụ phát hành theo quy định.
• Phiếu nhập kho, biên bản giao nhận, chứng từ ghi nhận hàng tồn kho và các bút toán kế toán liên quan.
• Hồ sơ đối chiếu công nợ, xác nhận thanh toán hoặc thỏa thuận bù trừ công nợ, nếu có.

Không phải mọi giao dịch đều sử dụng cùng một hình thức thanh toán. Doanh nghiệp cần lưu chứng từ phù hợp với phương thức thanh toán thực tế và đáp ứng điều kiện pháp luật liên quan, đặc biệt khi áp dụng chính sách thuế hoặc ưu đãi thuế có yêu cầu về chứng từ thanh toán.

2.5. Chứng từ xuất xứ và hồ sơ kiểm tra chuyên ngành

Đối với hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành hoặc được hưởng ưu đãi thuế theo xuất xứ, doanh nghiệp cần lưu thêm các hồ sơ chứng minh tương ứng. Tùy mặt hàng và chính sách áp dụng, nhóm hồ sơ này có thể gồm:

• Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), nếu có hoặc thuộc trường hợp cần sử dụng.
• Giấy phép nhập khẩu, văn bản chấp thuận hoặc giấy đăng ký kiểm tra chuyên ngành theo quy định.
• Kết quả kiểm tra chất lượng, kiểm dịch, kiểm tra an toàn thực phẩm hoặc kết quả đánh giá sự phù hợp, nếu thuộc diện áp dụng.
• Tài liệu kỹ thuật, catalogue, thông số sản phẩm, nhãn hàng hóa và chứng thư giám định, nếu có liên quan đến việc xác định mã HS, trị giá, xuất xứ hoặc chính sách quản lý hàng hóa.

Doanh nghiệp không cần áp dụng máy móc toàn bộ danh mục trên cho mọi lô hàng. Thành phần hồ sơ cần được xác định dựa trên mã HS, tính chất hàng hóa, loại hình nhập khẩu và quy định có hiệu lực tại thời điểm mở tờ khai.

3. Chứng từ nhập khẩu cần lưu trong bao lâu?

Không nên áp dụng một thời hạn duy nhất cho toàn bộ hồ sơ nhập khẩu, bởi hồ sơ hải quan và tài liệu kế toán có thể chịu các quy định lưu trữ khác nhau.

Căn cứ về thời hạn lưu trữ tài liệu kế toán được quy định tại Điều 41 Luật Kế toán và các văn bản hướng dẫn liên quan. Doanh nghiệp có thể tham khảo Nghị định 174/2016/NĐ-CP trên Cổng thông tin văn bản Chính phủ.

Lưu ý quan trọng: Thời hạn 05 năm đối với hồ sơ hải quan được tính từ ngày đăng ký tờ khai, không mặc nhiên tính từ ngày hàng về kho hoặc ngày hoàn tất thanh toán. Với chứng từ thuộc diện lưu trữ dài hơn, doanh nghiệp phải áp dụng thời hạn tương ứng. Nếu hồ sơ đang liên quan đến tranh chấp, kiểm tra, thanh tra hoặc nghĩa vụ pháp lý chưa giải quyết xong, không nên tiêu hủy chỉ vì đã hết thời hạn lưu trữ thông thường.

4. Nên lưu chứng từ nhập khẩu bản giấy hay bản điện tử?

Doanh nghiệp có thể tổ chức lưu trữ hồ sơ giấy, hồ sơ điện tử hoặc kết hợp cả hai, tùy tính chất chứng từ và quy định áp dụng. Điều quan trọng là bảo đảm hồ sơ đầy đủ, xác thực, an toàn và có thể truy xuất khi cần. Với hồ sơ điện tử, doanh nghiệp nên:

• Lưu tệp gốc và dữ liệu điện tử liên quan, không chỉ lưu ảnh chụp màn hình.
• Bảo đảm tệp có thể đọc được, tra cứu được và xác định được lô hàng tương ứng.
• Sao lưu dữ liệu định kỳ, phân quyền truy cập và có phương án khôi phục khi xảy ra sự cố.
• Lưu chứng từ điều chỉnh, trao đổi và giải trình theo đúng trình tự phát sinh để giữ được lịch sử hồ sơ.

Với chứng từ giấy hoặc chứng từ có yêu cầu riêng về hình thức, doanh nghiệp cần bảo quản theo quy định tương ứng. Việc lưu bản scan không tự động thay thế mọi nghĩa vụ lưu bản gốc nếu pháp luật hoặc tính chất chứng từ yêu cầu khác.

Có thể tham khảo: Chứng Từ Xuất Nhập Khẩu Gồm Những Gì? Phân Tích Chi Tiết Từng Loại

5. Cách sắp xếp bộ chứng từ nhập khẩu để dễ tra cứu

Thay vì lưu tài liệu rời rạc theo email hoặc theo từng nhân viên phụ trách, doanh nghiệp nên xây dựng một quy trình quản lý thống nhất cho từng lô hàng.

Một cách thực hiện hiệu quả là tạo thư mục riêng theo năm nhập khẩu, mã tờ khai hoặc mã lô hàng. Trong mỗi thư mục, chia thành các nhóm như hồ sơ hải quan, chứng từ thương mại, vận tải – giao nhận, thanh toán – kế toán và hồ sơ chuyên ngành.

Tên tệp nên có cấu trúc dễ nhận diện, chẳng hạn: MaToKhai_NgayDangKy_LoaiChungTu. Đồng thời, doanh nghiệp nên có bảng theo dõi thể hiện mã tờ khai, nhà cung cấp, ngày thông quan, vị trí lưu hồ sơ và tình trạng đầy đủ của từng nhóm chứng từ.

Trước khi đóng hồ sơ, cần đối chiếu các thông tin quan trọng giữa tờ khai, hợp đồng, hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói và vận đơn. Nếu phát hiện sai lệch, hãy xác định nguyên nhân và bổ sung hồ sơ xử lý phù hợp, tránh để đến khi có yêu cầu giải trình mới bắt đầu tìm kiếm chứng từ.

6. Những sai sót doanh nghiệp thường gặp khi lưu hồ sơ nhập khẩu

Một số sai sót tưởng nhỏ nhưng có thể gây khó khăn khi kiểm tra hồ sơ hoặc đối chiếu chi phí gồm:

• Chỉ lưu tờ khai đã thông quan mà thiếu hợp đồng, hóa đơn, chứng từ vận tải hoặc chứng từ thanh toán liên quan.
• Lưu chứng từ ở nhiều nơi nhưng không có mã nhận diện chung, dẫn đến khó ghép đúng tài liệu với từng tờ khai.
• Không lưu chứng từ khai bổ sung, giải trình hoặc hồ sơ điều chỉnh sau khi có thay đổi.
• Không phân biệt thời hạn lưu hồ sơ hải quan với thời hạn lưu tài liệu kế toán.
• Không kiểm tra tính nhất quán giữa chứng từ thương mại, tờ khai, chứng từ nộp thuế và số liệu hạch toán.

Để hạn chế rủi ro, doanh nghiệp nên giao rõ trách nhiệm quản lý hồ sơ giữa bộ phận xuất nhập khẩu, kế toán và đơn vị dịch vụ hải quan; đồng thời thực hiện kiểm tra định kỳ đối với các lô hàng đã hoàn tất thông quan.

7. Kết luận

Lưu trữ bộ chứng từ nhập khẩu sau thông quan không chỉ là yêu cầu tuân thủ mà còn là một phần quan trọng trong quản trị rủi ro và kiểm soát chi phí của doanh nghiệp. Việc lưu đầy đủ tờ khai hải quan, chứng từ thương mại, vận tải, thanh toán, kế toán và hồ sơ chuyên ngành giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi cần đối chiếu, giải trình hoặc xử lý vấn đề phát sinh.

8. Câu hỏi thường gặp

Sau khi thông quan có cần lưu hợp đồng và hóa đơn thương mại không?
Có. Đây là những chứng từ quan trọng để chứng minh giao dịch mua bán, đối chiếu thông tin hàng hóa và phục vụ giải trình khi cần thiết. Thời hạn lưu cụ thể cần căn cứ vào quy định áp dụng cho từng loại hồ sơ.

Chỉ lưu tờ khai hải quan điện tử có đủ không?
Không nên. Tờ khai là một phần của hồ sơ. Doanh nghiệp cần lưu các chứng từ liên quan đến giao dịch, vận chuyển, thanh toán, nghĩa vụ thuế và hồ sơ chuyên ngành theo từng trường hợp.

Hồ sơ nhập khẩu phải lưu 05 năm hay 10 năm?
Tùy loại tài liệu. Hồ sơ hải quan thông thường được lưu 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai; một số chứng từ kế toán phải lưu tối thiểu 10 năm. Doanh nghiệp cần phân loại hồ sơ và áp dụng thời hạn tương ứng, thay vì chọn một mốc chung cho tất cả chứng từ.

Khi nào doanh nghiệp cần xuất trình lại bộ chứng từ nhập khẩu?
Hồ sơ có thể được yêu cầu khi thực hiện kiểm tra sau thông quan, thanh tra hoặc kiểm tra thuế, giải quyết tranh chấp, khiếu nại hay đối chiếu nghĩa vụ liên quan đến lô hàng. Vì vậy, hồ sơ cần được sắp xếp sao cho có thể truy xuất nhanh và đầy đủ.

Cảm ơn Quý khách hàng và Quý độc giả đã dành thời gian theo dõi bài viết. Hy vọng những thông tin trên giúp bạn hiểu rõ hơn về các chứng từ nhập khẩu cần lưu trữ sau thông quan, thời hạn bảo quản hồ sơ và cách quản lý chứng từ hiệu quả.

Nếu doanh nghiệp đang có nhu cầu vận chuyển hàng hóa quốc tế, nhập khẩu chính ngạch hoặc cần tư vấn về hồ sơ, thủ tục hải quan và phương án Logistics phù hợp, MDCT Logistics sẵn sàng hỗ trợ từ khâu chuẩn bị chứng từ, thực hiện thủ tục xuất nhập khẩu đến vận chuyển và giao nhận hàng hóa.

MDCT Logistics 
☎️ Hotline: 0865 763 169
💬 Fanpage: https://www.facebook.com/MDCT.vn/
🌐 Website: https://mdctlogistics.com.vn/
📍 Địa chỉ: Tòa AC Building, số 3 ngõ 78 Duy Tân, Dịch Vọng Hậu, Cầu Giấy, Hà Nội